En juin 2017, les autorités ont confirmé que les objectifs d'assainissement prescrits avaient été atteints, à l'exception de trois zones localisées, appelées "lentilles sableuses". Il était stipulé dans l'arrêté d'assainissement de 2005 que ces dernières seraient surveillées et analysées après l'assainissement et qu'elles feraient l'objet d'un assainissement complémentaire si nécessaire. Les autorités ont toutefois demandé d’évaluer la nécessité d’un traitement une fois l’assainissement de la décharge terminé, afin d'éviter une éventuelle pollution supplémentaire de ces lentilles sableuses pendant l'excavation.
Après la fin des travaux d'assainissement, la bci Betriebs-AG a pris en main le rinçage et la surveillance des trois lentilles sableuses. Jusqu'à présent, la charge en polluants des lentilles sableuses n'a pas eu d'impact sur les eaux souterraines et de surface. Le dispositif actuellement en place comprend l’injection, le pompage et le traitement de l'eau.
La zone située au nord de la fosse remblayée, y compris les deux lentilles de sable qui s'y trouvent, a fait l'objet dans le sens d'une évaluation finale et en accord avec les autorités d’une étude supplémentaire en 2021. Les résultats ont montré qu'à certains endroits, les couches de couverture, c'est-à-dire les couches d'argile supérieures, contenaient encore des polluants nécessitant un assainissement. Des analyses supplémentaires ont également révélé des traces de benzidine et de PFAS dans le même périmètre à assainir. Cependant, aucune benzidine et PFAS n'ont été trouvés dans les eaux souterraines et de surface.
En complément des mesures de suivi prises jusqu'à présent et dans le sens d'une sécurisation définitive à long terme, la bci Betriebs-AG a donc convenu avec les autorités, en été 2021, de procéder à un assainissement supplémentaire des couches de couverture de la zone située au nord de l'ancienne décharge, y compris les deux lentilles sableuses. Une excavation est prévue. Afin d'obtenir des informations plus précises sur la présence de benzidine et de PFAS et de confirmer ainsi le périmètre d'assainissement, des études complémentaires ont été effectuées en 2023.
En mars 2024, la société bci Betriebs-AG a soumis les résultats de ces analyses approfondies ainsi qu'un projet d'assainissement aux autorités pour examen. En juin 2025, après un examen approfondi, le projet a été approuvé par les autorités.
La société bci Betriebs-AG prévoit de réaliser l'assainissement complémentaire dans le courant de l'année. Certains travaux préparatoires, tels que l'aménagement du chantier et l'enlèvement des matériaux de couverture non contaminés, ont déjà commencé. Si tout se déroule comme prévu, l'excavation des couches de couverture contaminées et des lentilles de sable débutera vers la mi-octobre 2025 et durera environ deux mois. Ensuite, la société bci Betriebs-AG fera remblayer le site d'excavation avec des matériaux non pollués et reboisera la zone conformément au plan d'affectation spécial cantonal. Un dispositif de surveillance sera mis en place afin de garantir la réalisation des objectifs d'assainissement.
Jusqu'en mai 2019, environ la moitié de l'ancienne zone forestière située sur le site de la décharge pour déchets spéciaux avait pu être renaturalisée. Le reste du reboisement aura lieu dès que l'assainissement complémentaire des lentilles de sable sera terminé.
De plus, l'ancien bassin de décantation a été transformé en étang naturel. Les deux étangs au nord sont devenus des zones humides qui fournissent un habitat aux crapauds et aux libellules.
L'association Escale Bonfol prévoyait de réaliser sur l'ancienne décharge de déchets spéciaux de Bonfol un projet de «LAND ART» conçu par l'architecte Mario Botta. L'objectif était de créer un lieu de rencontre qui utilisait le mur ouest de l'ancienne halle d’excavation, où les surfaces étaient plantées d'arbres et de buissons de manière artistique et où une tour panoramique de 40 mètres de haut surplombait le tout.
Faute de financement, le projet a été abandonné au printemps 2022. Une proposition alternative d'un groupe de jeunes architectes et artistes a également été rejetée par l'assemblée communale de Bonfol le 27 avril 2022. Ainsi, le mur ouest de l'ancienne halle d'excavation n'était plus nécessaire. La bci Betriebs-AG l'a déconstruit en octobre 2022.
En 2024, plusieurs chemins forestiers ont été remis en état, lesquels ont été utilisés temporairement par la société bci Betriebs-AG comme voies d'accès au chantier. Il est également prévu d'aménager un sentier pédestre autour de l'ancienne décharge. Au centre de ce circuit, une forêt de conifères doit être plantée. Le canton du Jura a également commencé à aménager et à asphalté la piste cyclable Bonfol – Pfetterhouse, qui rejoint l'Euro-Vélo-Route 6 en France. Les deux chemins seront achevés dès que les travaux de rénovation complémentaires seront terminés.
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